PedGenie Haplotype .rgen example

<ge:rgen rseed=”777” nsims=”2000” top=”HapFreqTopSim” drop=”DropSim”>

<ge:locus id=”1” marker=”SNP1”/><ge:locus id=”2” marker=”SNP2” dist=”0.00”/>

<ge:param name=”ccstat1”>ChiSquared</ge:param> <ge:param name=”ccstat2”>ChiSquaredTrend</ge:param> <ge:param name=”ccstat3”>OddsRatios</ge:param> <ge:param name=”ccstat4”>TrioTDT</ge:param> <ge:param name=”ccstat5”>SibTDT</ge:param> <ge:param name=”ccstat6”>CombTDT</ge:param> <ge:param name=”ccstat7”>Quantitative</ge:param> <ge:param name=”quantfile”>Trait.dat</ge:param> <ge:param name=”covar1”>1</ge:param> <ge:param name=”dumper”>.LineRecsDumper</ge:param>

<ge:param name=”top-sample”>all</ge:param>

<ge:cctable stats=”1 3 7” model=”Hap 2 vs Hap 1”> <ge:col wt=”0”> ge:g ge:a1/1</ge:a> ge:a1/1</ge:a> </ge:g> ge:g ge:a1/2</ge:a> ge:a1/1</ge:a> </ge:g> ge:g ge:a1/2</ge:a> ge:a1/2</ge:a> </ge:g> ge:g ge:a2/1</ge:a> ge:a1/1</ge:a> </ge:g> ge:g ge:a2/1</ge:a> ge:a2/1</ge:a> </ge:g> </ge:col> <ge:col wt=”1”> ge:g ge:a1/1</ge:a> ge:a(./2)|(2/.)</ge:a> </ge:g> ge:g ge:a(1/2)</ge:a> ge:a(2/1)</ge:a> </ge:g> ge:g ge:a(1/2)</ge:a> ge:a(2/2)</ge:a> </ge:g> ge:g ge:a(2/1)</ge:a> ge:a(1/2)</ge:a> </ge:g> ge:g ge:a(2/1)</ge:a> ge:a(2/2)</ge:a> </ge:g> </ge:col> </ge:cctable>

<ge:cctable stats=”1 3 7” model=”Hap 3 vs Hap 1”> <ge:col wt=”0”> ge:g ge:a1/1</ge:a> ge:a(1/.)|(./1)</ge:a> </ge:g> ge:g ge:a(1/2)</ge:a> ge:a(1/1)</ge:a> </ge:g> ge:g ge:a(2/1)</ge:a> ge:a(1/1)</ge:a> </ge:g> </ge:col> <ge:col wt=”1”> ge:g ge:a(1/2)</ge:a> ge:a(1/2)</ge:a> </ge:g> ge:g ge:a(1/2)</ge:a> ge:a(2/2)</ge:a> </ge:g> ge:g ge:a(2/1)</ge:a> ge:a(2/1)</ge:a> </ge:g> ge:g ge:a(2/1)</ge:a> ge:a(2/2)</ge:a> </ge:g> ge:g ge:a(2/2)</ge:a> ge:a(2/.)|(./2)</ge:a> </ge:g> </ge:col> </ge:cctable>

<ge:cctable stats=”1 3 7” model=”Hap 4 vs Hap 1”> <ge:col wt=”0”> ge:g ge:a(1/1)</ge:a> ge:a(1/.)|(./1)</ge:a> </ge:g> ge:g ge:a(1/2)</ge:a> ge:a(1/2)</ge:a> </ge:g> ge:g ge:a(2/1)</ge:a> ge:a(2/1)</ge:a> </ge:g> </ge:col> <ge:col wt=”1”> ge:g ge:a1/2</ge:a> ge:a(1/1)</ge:a> </ge:g> ge:g ge:a(1/2)</ge:a> ge:a(2/1)</ge:a> </ge:g> ge:g ge:a(2/1)</ge:a> ge:a(1/1)</ge:a> </ge:g> ge:g ge:a(2/1)</ge:a> ge:a(1/2)</ge:a> </ge:g> ge:g ge:a(2/2)</ge:a> ge:a(1/.)|(./1)</ge:a> </ge:g> </ge:col> </ge:cctable>

<ge:cctable stats=”1 3 7” model=”Hap 2 vs rest REV”> <ge:col wt=”1”> ge:g ge:a(1/.)</ge:a> ge:a(2/.)</ge:a> </ge:g> ge:g ge:a(./1)</ge:a> ge:a(./2)</ge:a> </ge:g> </ge:col> <ge:col wt=”0”> ge:g ge:a(./.)</ge:a> ge:a(./.)</ge:a> </ge:g> </ge:col> </ge:cctable>

<ge:cctable stats=”1 3 7” model=”Hap 3 vs rest REV”> <ge:col wt=”1”> ge:g ge:a(2/.)</ge:a> ge:a(2/.)</ge:a> </ge:g> ge:g ge:a(./2)</ge:a> ge:a(./2)</ge:a> </ge:g> </ge:col> <ge:col wt=”0”> ge:g ge:a(./.)</ge:a> ge:a(./.)</ge:a> </ge:g> </ge:col> </ge:cctable>

<ge:cctable stats=”1 3 7” model=”Hap 4 vs rest”> <ge:col wt=”1”> ge:g ge:a(2/.)</ge:a> ge:a(1/.)</ge:a> </ge:g> ge:g ge:a(./2)</ge:a> ge:a(./1)</ge:a> </ge:g> </ge:col> <ge:col wt=”0”> ge:g ge:a(./.)</ge:a> ge:a(./.)</ge:a> </ge:g> </ge:col> </ge:cctable>

<ge:cctable stats=”1 3 7” model=”Hap 3 Dom REV”> <ge:col wt=”1”> ge:g ge:a(2/.)</ge:a> ge:a(2/.)</ge:a> </ge:g> ge:g ge:a(./2)</ge:a> ge:a(./2)</ge:a> </ge:g> </ge:col> <ge:col wt=”0”> ge:g ge:a./.</ge:a> ge:a./.</ge:a> </ge:g> </ge:col> </ge:cctable>

<ge:cctable stats=”1 3 7” model=”Hap 3 Rec REV”> <ge:col wt=”1”> ge:g ge:a2/2</ge:a> ge:a2/2</ge:a> </ge:g> </ge:col> <ge:col wt=”0”> ge:g ge:a./.</ge:a> ge:a./.</ge:a> </ge:g> </ge:col> </ge:cctable>

<ge:cctable model=”Hap3 Additive R”> <ge:col wt=”2”> ge:g ge:a2/2</ge:a> ge:a2/2</ge:a> </ge:g> </ge:col> <ge:col wt=”1”> ge:g ge:a(2/.)</ge:a> ge:a(2/.)</ge:a> </ge:g> ge:g ge:a(./2)</ge:a> ge:a(./2)</ge:a> </ge:g> </ge:col> <ge:col wt=”0”> ge:g ge:a./.</ge:a> ge:a./.</ge:a> </ge:g> </ge:col> </ge:cctable>

</ge:rgen>