Single Locus .rgen example

<ge:rgen rseed=”777” nsims=”2000” top=”AlleleFreqTopSim” drop=”DropSim”>

<ge:locus id=”1” marker=”SNP1”/><ge:locus id=”2” marker=”SNP2”/>

<ge:param name=”ccstat1”>ChiSquared</ge:param> <ge:param name=”ccstat2”>ChiSquaredTrend</ge:param> <ge:param name=”ccstat3”>OddsRatios</ge:param> <ge:param name=”ccstat4”>Quantitative</ge:param> <ge:param name=”quantfile”>Trait.dat</ge:param> <ge:param name=”covar1”>1</ge:param> <ge:param name=”dumper”>.LineRecsDumper</ge:param>

<ge:param name=”top-sample”>all</ge:param>

<ge:cctable loci=”1” stats=”1 3 4” model=”Dom”> <ge:col wt=”0”> ge:g ge:a1/1</ge:a> </ge:g> </ge:col> <ge:col wt=”1”> ge:g ge:a(2/.)|(./2)</ge:a> </ge:g> </ge:col> </ge:cctable>

<ge:cctable loci=”1” stats=”1 3 4” model=”Rec”> <ge:col wt=”0”> ge:g ge:a(1/.)</ge:a> </ge:g> </ge:col> <ge:col wt=”1”> ge:g ge:a2/2 </ge:a> </ge:g> </ge:col> </ge:cctable>

<ge:cctable loci=”1” model=”Additive”> <ge:col wt=”0”> ge:g ge:a1/1</ge:a> </ge:g> </ge:col> <ge:col wt=”1”> ge:g ge:a(2/1)|(1/2)</ge:a> </ge:g> </ge:col> <ge:col wt=”2”> ge:g ge:a(2/2)</ge:a> </ge:g> </ge:col> </ge:cctable>

<ge:cctable loci=”1” type=”Allele” stats=”1 3 4” model=”Allele”> <ge:col wt=”0”> ge:g ge:a1</ge:a> </ge:g> </ge:col> <ge:col wt=”1”> ge:g ge:a2</ge:a> </ge:g> </ge:col> </ge:cctable>

<ge:cctable loci=”2” stats=”1 3 4” model=”Dom”> <ge:col wt=”0”> ge:g ge:a1/1</ge:a> </ge:g> </ge:col> <ge:col wt=”1”> ge:g ge:a(2/.)|(./2)</ge:a> </ge:g> </ge:col> </ge:cctable>

<ge:cctable loci=”2” stats=”1 3 4” model=”Rec”> <ge:col wt=”0”> ge:g ge:a(1/.)</ge:a> </ge:g> </ge:col> <ge:col wt=”1”> ge:g ge:a2/2 </ge:a> </ge:g> </ge:col> </ge:cctable>

<ge:cctable loci=”2” model=”Additive”> <ge:col wt=”0”> ge:g ge:a1/1</ge:a> </ge:g> </ge:col> <ge:col wt=”1”> ge:g ge:a(2/1)|(1/2)</ge:a> </ge:g> </ge:col> <ge:col wt=”2”> ge:g ge:a(2/2)</ge:a> </ge:g> </ge:col> </ge:cctable>

<ge:cctable loci=”2” type=”Allele” stats=”1 3 4” model=”Allele”> <ge:col wt=”0”> ge:g ge:a1</ge:a> </ge:g> </ge:col> <ge:col wt=”1”> ge:g ge:a2</ge:a> </ge:g> </ge:col> </ge:cctable>

</ge:rgen>