Example .rgen: hapMC Comp. Genotype

<ge:rgen rseed=”777” nsims=”2000” >

<ge:locus id=”1” marker=”SNP1”/> <ge:locus id=”2” marker=”SNP2” dist=”0.00” /> <ge:datafile studyname=”Testing” genotypedata=”./GenotypeData.dat” quantitative=”./Trait.dat”/>

<ge:param name=”ccstat1”>ChiSquared</ge:param> <ge:param name=”ccstat2”>ChiSquaredTrend</ge:param> <ge:param name=”ccstat3”>OddsRatios</ge:param> <ge:param name=”ccstat4”>Quantitative</ge:param> <ge:param name=”covar1”>1</ge:param>

<ge:param name=”top-sample”>all</ge:param>

<ge:cctable model=”Dom-Dom”> <ge:col wt=”0”> ge:g ge:a1/1</ge:a> ge:a./.</ge:a> </ge:g> ge:g ge:a./.</ge:a> ge:a1/1</ge:a> </ge:g> </ge:col> <ge:col wt=”1”> ge:g ge:a(2/.)|(./2)</ge:a> ge:a(2/.)|(./2)</ge:a> </ge:g> </ge:col> </ge:cctable>

<ge:cctable model=”Rec-Rec”> <ge:col wt=”0”> ge:g ge:a(1/.)|(./1)</ge:a> ge:a(./.)</ge:a> </ge:g> ge:g ge:a(./.)</ge:a> ge:a(1/.)|(./1)</ge:a> </ge:g> </ge:col> <ge:col wt=”1”> ge:g ge:a(2/2)</ge:a> ge:a(2/2)</ge:a> </ge:g> </ge:col> </ge:cctable>

<ge:cctable model=”Dom-Rec”> <ge:col wt=”0”> ge:g ge:a1/1</ge:a> ge:a(./.)</ge:a> </ge:g> ge:g ge:a./.</ge:a> ge:a(1/.)|(./1)</ge:a> </ge:g> </ge:col> <ge:col wt=”1”> ge:g ge:a(1/2)|(2/1)</ge:a> ge:a(2/2)</ge:a> </ge:g> ge:g ge:a(2/.)|(./2)</ge:a> ge:a(2/2)</ge:a> </ge:g> </ge:col> </ge:cctable>

<ge:cctable model=”Rec-Dom”> <ge:col wt=”0”> ge:g ge:a(./.)</ge:a> ge:a1/1</ge:a> </ge:g> ge:g ge:a(1/.)|(./1)</ge:a> ge:a(./.)</ge:a> </ge:g> </ge:col> <ge:col wt=”1”> ge:g ge:a(2/2)</ge:a> ge:a(2/.)|(./2)</ge:a> </ge:g> </ge:col> </ge:cctable>

</ge:rgen>